פעולות אגף רשם החברות, מושתת על חוק החברות, התשנ"ט – 1999, [נוסח חדש], התשל"ה – 1975, פקודת השותפויות ועל פקודת רישום שמות עסק.

נוסף לתיקים אלה, מפוזרות הוראות שונות בחוקים נוספים, המטילות תפקידים וחובות על האגף. חוקים אלו, באו במטרה לאפשר לציבור לממש זכויות יסוד כמו חופש ההתאגדות.

עבודת האגף נחלקת, לפעולות המביאות ליצירת עובדות חדשות כגון: רישום חברה, שינוי שם חברה, הגדלת הון ופעולות אחרות, המקבלות את תקפן המשפטי ע"י פעולות רשם החברות ופעולות רישמיות אשר נועדו לממש את עקרון הפומביות.

עיקרי השירותים המקצועיים עליהם מופקד האגף:

1. רישום חברות חדשות.

2. רישום שיעבודים, סילוק שיעבודים ותיקון שיעבודים.

3. גביית אגרה שנתית.

4. בחינת החלטות מיוחדות ורישומן.

5. טיפול בפירוק מרצון כולל רישום, טיפול בצווי העמדת הליכי פירוק וסיום פירוק.

6. בחינה וטיפול בהגדלות הון.

7. תגובות לבתי משפט בבקשות משפטיות כגון: הארכת מועדים, הפחתת הון, שינוי מטרות.

8. בחינה וטיפול בהחלטות ורישומים שתקפן המשפטי תלוי ברישום בספרי האגף.

9. בחינת כל שאר המסמכים המוגשים לתיקי החברות.

10. אחריות לקליטת החומר ועדכון מערכת המידע הממוחשבת.

11. בדיקת בקשות להעתקים מאושרים ובדיקת אמיתות ההעתקים.

12. שרות לקהל המעיין בתיקי החברות, לרבות הפצת מידע באמצעות התקשורת

אלקטרונית מקוונת בין מחשב רשם החברות לבין כל מחשב אישי בכל אתר שהוא.