במחלקת תלונות וחקירות נבדקות פניות הנוגעות לחשדות באשר להתנהלות בלתי תקינה של עמותות.  

התלונות מתקבלות מהציבור הרחב, מעמותות, ממשרדי ממשלה ומגופים שונים.

 במחלקה עובדים שני עו"ד ורו"ח.

עם קבלת תלונה, באשר להתנהלות העמותה נשלח למתלונן מכתב כי תלונתו הגיעה ולאחר מכן נעשה הליך של בירור התלונה על ידי עובדי המחלקה.

העיקרון בבדיקת תלונות הוא כי: "אין יורדים לחייו של אדם ואין מקפחים פרנסתו על יסוד שמועות פורחות בלבד" (בג"צ 1/49 בז'רנו נ. שר המשטרה)

על כן, ובמיוחד כאשר מדובר בעמותה שיש לה אישור על ניהול תקין, דהיינו, נערכו בה בדיקות מקדימות, נבדקת התלונה מול המתלונן ומול החומר הנמצא בתיק כדי לראות האם יש לה בסיס לכאורה.  רק לאחר מכן מופנית התלונה לעמותה ולהמשך הבדיקה.

בסיום הבדיקה עוברות תוצאות הבדיקה למחלקת ניהול תקין, מחלקת תכניות הבראה או  מחלקת פירוקים על פי העניין.

במקרה שבו ההליך הרגיל של בקשת מידע מהעמותה לא צלח, או שיש צורך בקבלת מידע מגורמים נוספים, וכן יש צורך בהפעלת אמצעים נוספים כגון חקירה של בעלי תפקידים ועדים, בדיקת מסמכים, הטלת קנסות והוצאת צווי הבאה, ממונה חוקר לעמותה לבדיקת המידע ולחשיפת האמת.

כחלק מפעילות המחלקה, נערך נוהל משותף עם משטרת ישראל לטיפול בתלונות ויחסי גומלין בין רשם העמותות ליחידות החקירה במשטרה, כמו כן גובש נוהל עם המרכז לגביית קנסות אגרות והוצאות.