במסגרת קידום הפיקוח על יישום תוכניות, נקבעו היעדים הבאים:

1.    לפקח על ביצוע תוכניות הבראה ולבדוק מסמכים וחומר המוגשים בהתאם לתוכניות.

2.     להתאים תכניות הבראה לנסיבות כלכליות ואחרות משתנות בעמותות המפוקחות.

3.     ליזום פעולות המגבירות את הפיקוח על עמותות בהליכי הבראה.

תוכנית ההבראה מותאמת בכל מקרה ומקרה לליקויים שנמצאו בהתנהלות העמותה.

עמותות נדרשות לחתום על מסמך בו הן מתחייבות לעמוד בתנאי התוכנית.

לעיתים ממונה גורם מטעם הרשם כדי ללוות ולפקח באופן צמוד על תיקון הליקויים.

תכנית הבראה הינה כלי חשוב בידי היחידה.  היא מאפשרת לרשם העמותות לנצל ממצאים שנאספו באופן פעיל וחיובי, כך שהיחידה פועלת לא לאיסוף נתונים על עמותות בלבד, אלא גם לבניית מציאות חדשה על סמך אותם ממצאים.